Rapid Rail mencatatkan defisit sebanyak RM603 juta bagi tahun 2025 selepas hasil kutipan tambang didapati gagal menampung kos keseluruhan operasi yang mencecah RM1.3 bilion. Berdasarkan data awal yang belum diaudit, jumlah pendapatan yang dijana hanyalah sekitar RM721.5 juta, merangkumi hasil tambang (RM694.8 juta) dan hasil bukan tambang (RM26.7 juta).
Ketidakseimbangan ini turut dipengaruhi oleh komitmen Rapid Rail sebagai penyedia khidmat pengangkutan awam utama negara yang sering melaksanakan lanjutan waktu operasi demi keperluan pengguna. Menurut Kementerian Pengangkutan (MOT) dalam notis Parlimen, sebanyak 11 kali lanjutan masa telah dilaksanakan sepanjang tahun 2025 bagi menyokong acara-acara besar seperti perlawanan bola sepak dan konsert mega.
Meskipun inisiatif ini memudahkan pergerakan rakyat pada waktu puncak, ia melibatkan kos tambahan yang tinggi. Setiap jam lanjutan waktu operasi menelan belanja sekitar RM130,000, menjadikan jumlah keseluruhan kos operasi lanjutan mencecah RM1.8 juta. Namun, kutipan hasil tambang yang diperoleh dalam tempoh tambahan tersebut hanyalah sebanyak RM480,000, sekali gus menambah tekanan kepada kedudukan kewangan Prasarana.